سپرده کردن کالا نزد انبارهای مورد تأیید بورس و واگذاری گواهی صادره در بورس کالا به منزله فروش کالای سپرده شده نزد انبار توسط مالک اولیه کالا می‌باشد و به عنوان سرمایه‌گذاری در اوراق بهادار و به تبع آن شمول نرخ صفر مالیاتی برای مالک اولیه کالا تلقی نمی‌شود. بدیهی است مابقی معاملات میانی بین خریداران گواهی سپرده کالایی در بورس (به استثنای خریدار نهایی اوراق که با ارائه گواهی کالا را از انبار تحویل می‌گیرد در زمان «دریافت کالا») خرید و فروش اوراق بهادار محسوب شده و مشمول تبصره (۱) ماده (۱۴۳) مکرر قانون مالیات‌های مستقیم خواهد بود.

با توجه به اینکه گواهی سپرده کالایی مؤید مالکیت دارنده آن بر مقدار معینی کالا است، مادامی که مالک اولیه کالا، مالکیت گواهی سپرده کالایی خود را به دیگری واگذار ننماید، به دلیل اینکه فروش و درآمدی محقق نشده‌است، عملاً مشمول مالیات نمی‌باشد. لیکن هر زمان که مالک اولیه کالا مالکیت گواهی سپرده کالایی خود را به دیگری واگذار کند، به منزله فروش (عرضه) کالا در نظر گرفته می‌شود و در صورت احراز کسب درآمد، به تبع آن مشمول مالیات بر درآمد خواهد بود.

شایان ذکر است بهره‌مندی از مفاد صدر ماده (۱۴۳) قانون یاد شده مبنی بر بخشودگی (شمول نرخ صفر) مالیاتی نسبت به درآمد حاصل از فروش کالاهایی که در بورس‌های کالایی پذیرفته شده و به فروش می‌رسد نیز با رعایت مقررات مربوطه، امکان‌پذیر می‌باشد.