مطابق مقررات تبصره (۲) ماده (۱۷) قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب سال ۱۴۰۰، گمرک جمهوری اسلامی ایران مکلف است مالیات و عوارض کالاهای وارداتی را در زمان ترخیص قطعی و مالیات و عوارض کالاهای متروکه را قبل از ترخیص نهایی وصول و به‌صورت برخط به حساب سازمان واریز کند.

وفق مفاد ماده (۲) قانون امور گمرکی، گمرک جمهوری اسلامی ایران مسئول اعمال حاکمیت دولت در اجرای قانون امور گمرکی و سایر قوانین و مقررات مربوط به صادرات و واردات و وصول حقوق ورودی و عوارض گمرکی و مالیات‌های مربوطه است. بر اساس مفاد ماده (۳) قانون مزبور، انجام تشریفات قانونی ترخیص و تحویل کالا، اعمال مقررات گمرکی درباره معافیت‌ها و ممنوعیت‌ها در بخش‌های صادرات قطعی، صادرات موقت، واردات قطعی، واردات موقت و ... از وظایف و اختیارات گمرک ایران برشمرده شده است.